Участие студентов Москвы в конкурсе по Биоинженерии iGEM

Друзья!

Мы напряженно работали и наконец выполнили следующие важные задачи:

1. Найдены PAM последовательности и длины таргетной ДНК для 4 Cas9 белков: SpCas9, CjCas9, SaCas9 и StCas9.
2. Произведен поиск геномов боррелий, вызывающих болезнь Лайма, клещей, клещевой микробиоты.
3. Написаны функции на языке python для поиска мишеней в геномах боррелий, для разных комбинаций Cas9 белков и разной ориентации системы.
4. Написан скрипт для проверки встречаемости найденных мишеней в геноме клеща.
5. С помощью методов молекулярного моделирования определена оптимальная длина ДНК между системами SpCas9 для ориентации PAM-in.

Что означает, что найдены все необходимые последовательности в геноме и уже начата обработка полученных данных.

И это позволяет нам перейти к следующей части – поиску подходящего расположения детекторной системы белков на ДНК (определению оптимальных расстояний между различными комбинациями Cas9 белков для ориентации системы PAM-out).