1 проект
Программа БИОЭВРИКА уже используется для прогнозирования биологической активности (ЦОГ-2, ГАМК-А рецептор, протеинкиназа C). На рисунке 1 приведена зависимость среднего времени связывания веществ с активным центром и экспериментальных значений биологической активности.
В 2015 году мы планируем разработать веб-интерфейс и запустить интернет-сервис Bioeurica. Благодаря использованию библиотеки Wt веб-интерфейс будет очень похож на настольное приложение и содержать 3D визуализацию моделирования.
Сервис Bioeurica будет содержать уже готовые модели различных видов биологической активности, прошедшие валидацию.
Как пользоваться:
1. Для прогнозирования нужно будет загрузить структуры исследуемых веществ и выбрать схему моделирования, от которой зависят длительность и достоверность.
2. Далее в своем аккаунте можно будет наблюдать за моделированием в реальном времени, видя 3D структуру системы (WebGL) и имея под рукой гибкую систему настройки визуализации.
3. По окончании расчетов просмотреть результаты для своих молекул в виде таблицы с прогнозируемыми величинами общей и средней длительности связывания, IC50, а так же воспроизвести динамику в режиме 3D.
4. Выгрузить в файлы можно будет таблицу с результатами, динамику в файл pdb либо в видеофайл, временной анализ взаимодействия лиганда со всеми аминокислотами сайта связывания в таблицу.
5. Сообщение об окончании расчетов и ссылка на страницу с отчетом будет отправлена на электронную почту пользователя автоматически.
Собранная сумма будет использована для закупки комплектующих веб-сервера.
Образование:
- Пятигорская государственная фармацевтическая академия, 2002г.
- Аспирантура Пятигорской государственной фармацевтической академии, 2005г.
Ученая степень: кандидат фармацевтических наук
Тема диссертации:
«Молекулярное моделирование и дизайн биологически активных веществ с противовоспалительной и антихолинергической активностью».
Год начала работы на кафедре: 2005г.
Научные интересы:
- Разработка распределенной программной системы для моделирования молекулярной динамики, молекулярного докинга и сравнительного анализа молекулярного поля;
- Изучение связи «структура-физико-химические свойства» и «структура – биологическая активность» методами молекулярной механики и квантовой химии и сравнительного анализа молекулярного поля;
- Поиск веществ с противовоспалительной и психотропной активностью методом молекулярного докинга (циклооксигеназа, D2-рецептор, ГАМК-А рецептор) среди производных оксопиримидина и хиназолинона;
- Изучение процесса адсорбции биологически активных веществ природного и синтетического происхождения с использованием моделирования молекулярной динамики и калориметрии.
Публикации: опубликовано более 40 научных и учебно-методических работ.
Авторские свидетельства, патенты, внедрения:
Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ «Molecular Space» №2003612547. Заявка №2003612314 от 10.11.2003. Зарегистрировано в Реестре программ для ЭВМ 21.11.2003.
Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ «Biophysical Studio» № 2011611040. Заявка № 2010617581 от 30.11.2010. Зарегистрировано в Реестре программ для ЭВМ 28 января 2011.