Друзья!
Мы напряженно работали и наконец выполнили следующие важные задачи:
- Найдены PAM последовательности и длины таргетной ДНК для 4 Cas9 белков: SpCas9, CjCas9, SaCas9 и StCas9.
- Произведен поиск геномов боррелий, вызывающих болезнь Лайма, клещей, клещевой микробиоты.
- Написаны функции на языке python для поиска мишеней в геномах боррелий, для разных комбинаций Cas9 белков и разной ориентации системы.
- Написан скрипт для проверки встречаемости найденных мишеней в геноме клеща.
- С помощью методов молекулярного моделирования определена оптимальная длина ДНК между системами SpCas9 для ориентации PAM-in.
Что означает, что найдены все необходимые последовательности в геноме и уже начата обработка полученных данных.
И это позволяет нам перейти к следующей части – поиску подходящего расположения детекторной системы белков на ДНК (определению оптимальных расстояний между различными комбинациями Cas9 белков для ориентации системы PAM-out).
3 проекта